Fakulteta bo gradila tudi na tem, da bo diplomantom magistrskega študijskega programa Zdravstvene vede omogočila nadaljevanje študija na tretji stopnji (doktorski študij). Diplomanti magistrskega študijskega programa Zdravstvene vede bodo lahko nadaljevali študij na drugih sorodnih visokošolskih institucijah doma in v tujini, saj je magistrski študijski program Zdravstvene vede mednarodno primerljiv in usklajen z evropskimi visokošolskimi predpisi. Vsaka visokošolska institucija pa bo določila vstopne pogoje za diplomante magistrskega študija Zdravstvene vede, glede na pravila in določila institucije.